《結城友奈是勇者第三季》（ゆゆゆ 3期 / Yuki Yuna is a Hero Season 3）劇情描述以眾神的保護為代價，一個新時代已經來臨，給了人類殘餘的重建機會。 完成了對太社的職責，三樹中學英雄社的成員們終於開始享受青春，過上了普通學生的生活。 然而，這樣的結論並不是沒有犧牲就得來的。
神紀298年，楠木惠吹成為下一個英雄的潛在候選人之一。 儘管她為超越競爭對手付出了艱辛的努力，但她還是輸給了三好花琳，使目吹對大社的決定感到憤怒。 兩年後，Mebuki 被任命為 Sentinels 的指揮官——一個負責探索屏障之外未知領域的組織。 該團隊看似簡單的任務很快被不可預見的威脅打亂，危及艦隊無辜的生命。
為了證明自己作為英雄的價值，目吹髮誓要不惜一切代價讓所有人活著回來。
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